優化的核醣體分析（Ribo-seq）揭示衣藻晝夜節律下轉譯調控的新見解

本研究建立並優化了模式綠藻Chlamydomonas reinhardtii的核糖體足跡測序（Ribo-seq）實驗與分析流程，顯著提升了核糖體保護片段對主要開放閱讀框的對應率、降低基因編碼區的對應偏差，並展現高度的三核苷酸週期性。結合Ribo-seq與RNA-seq，我們計算基因的轉譯效率、並鑑定晝夜週期中具有差異性轉譯的基因。結果發現，部份細胞週期核心基因於DNA合成/有絲分裂（S/M）階段的轉譯效率顯著提升，顯示轉譯調控參與細胞週期調節。此外，透過優化的核糖體足跡數據，我們可以鑑定潛在的基因上游開放閱讀框（uORFs），部分uORFs呈現晝夜週期的差異性調控，可能參與晝夜節律調節。本研究獲得的高品質Ribo-seq數據已透過Chlamydomonas基因組網站開放給科學界，提供寶貴的基因體學資源。
方素瓊

Yen-Ling Lin, Eva Yuhua Kuo, Shih-Yi Wang, Chih-Chi Lee, Su-Chiung Fang (2025) 優化的核醣體分析（Ribo-seq）揭示衣藻晝夜節律下轉譯調控的新見解 Plant, Cell & Environment, https://doi.org/10.1111/pce.15681