發展新穎核酸鍵結體分析工具FeatureHunter於暴露體學研究之快速核酸修飾識別與分類
生物體當暴露在可與核酸作用的物理和化學因子下,可能會導致DNA與RNA的修飾(又稱NA Modifications),此作用已知與多種疾病有關,包括癌症。近期,新興研究核酸鍵結體學(NA Adductomics)的方向已開始著重在識別目前已...
解密植物免疫系統長達五十年謎團:成功揭開致病蛋白一號(Pathogenesis-related Protein 1, PR1)之神秘面紗
這項重大的研究突破由中研院農生中心副研究員陳逸然博士帶領的科研團隊完成,揭示了植物偵測病原菌入侵時將免疫指標蛋白PR1轉化成可直接活化植物全身防禦細胞素CAPE之關鍵酵素機制。在植物無法有效產生或是感知主要防禦賀爾蒙水楊酸時,局部施加微量合...
開發一個內生胜肽鑑定的胜肽分數演算法基於Mascot搜尋法
為了使用二次質譜(MS/MS)配合蛋白質資料庫比對法鑑定內生胜肽,在資料庫搜尋的過程中我們必須使用非專一酵素水解(NES)搜尋比對法考慮所有可能自蛋白質水解產生的胜肽。然而,與專一酵素水解搜尋相比,NES比對過程會由於會產生較多的偽陽性比對結果,因此鑑定效能較差。在此研究中,我們探討了如何使用次級匹...
利用數據非依賴擷取方法研究番茄遭受病害早期至晚期之蛋白體動態變化
植物與病原菌彼此之間持續存在著攻防戰,而植物進化出動態防禦與免疫系統以抵抗病菌感染、提升自身免疫力以防禦同或異種類的病原菌展開次一波之入侵。除了演化和生理的改變,植物與病菌間之交互作用在分子生物階層亦存在著劇烈的動態變化。近年來,有一新興之方法學應用於蛋白質鑑定與定量,稱之為 “數據非依賴擷取”,能...
前驅蛋白衍生胜肽於誘發植物逆境反應的角色
植物無法藉由移動以即時躲避所遭遇之逆境,故在其演化過程中發展出複雜之訊息傳遞機制調節多種生理反應以適應或對抗逆境。近年來,胜肽被證實在植物訊息傳遞機制中扮演關鍵角色,不僅與生長或生物逆境相關,更參與調節養分失衡、乾旱及高鹽等非生物逆境之機制。截至目前為止,在植物中被發現用以傳遞逆境訊息之胜肽分子皆來...
阿拉伯芥CAP蛋白所衍生出之胜肽於調控耐鹽度之角色
胜肽已被認同扮演著調控植物生長﹑發育還有抵禦病蟲害(生物性逆境)訊息傳遞網絡的重要角色;然而,胜肽在調控非生物性逆境上的發現卻相當缺乏。接續本實驗室先前發現的一個新穎受外傷誘導的番茄cysteine-rich secretory proteins, antigen 5, and pathogenes...
利用定量多肽體學策略發現了自番茄PR-1蛋白所產生的多肽可調控植物的免疫訊息傳遞
即使是化學農藥發達的今天,全球每年三分之一農作物仍因病蟲害而損失。然而,植物病蟲害對於化學農藥適應力越來越強使得農藥的效力變弱,加上農藥對於環境生態以及健康的問題也越來越被重視造成使用受到限制,這導致病蟲害的問題越來越難以用傳統化學農藥的方...
UniQua: A Universal Signal Processor for MS-Based Qualitative and Quantitative Proteomics Applications
以質譜儀為基礎之研究策略已被廣泛的應用在蛋白質體學上,而近年來高解析質譜儀的發展則更進一步提昇我們對蛋白體輪廓解析的準確度及靈敏度。目前高解析度質譜方法依據其分析原理具有不同且互補之功能及優點,若能整合不同類型的質譜儀數據則可得到更完整的蛋...
Tunnel Frit: A Nonmetallic In-Capillary Frit for Nanoflow Ultra High-Performance Liquid ChromatographyMass SpectrometryApplications
本研究中我們建立了一個有效之方法用於製作奈米流液相層析管柱之關鍵靜相阻擋元件(Frit)。此方法於溶膠凝膠聚合反應時刻意產生一微小通道,以獲得具更耐高壓之穿隧式阻擋元件(Tunnel Frit)。我們使用填充2公分靜相之Tunnel Fri...
Visual Indicator for Surfactant Abundance in MS-Based Membrane and General Proteomics Applications
The existence of surfactants in proteomics samples can severely reduce enzymatic digestion efficiency, liquid chromatogr...