南部院區質譜儀核心設施主要進行植物以及微生物功能性生物分子暨揮發性物質的分析研究。應用系統性代謝體分析平台，如UHPLC- Orbitrap Fusion Lumos/Triple Quadrupole，進行定性和定量分析；影像質譜分析平台(MALDI TOF/TOF MS)，可以提供分子於生物樣品空間分佈的資訊。除常規委託質譜檢測外，也與委測單位討論實驗規劃，一同開發新的檢測技術。服務對象有中研院院內研究單位、大專院校及院外研究機構。

常規檢測：

• OTMS精確質量分析 (such as small molecules, peptides)
• LC-MS/MS定量分析 (such as amino acids, polyamines, phenolic acids) 
• 非標靶代謝體學
• HS-SPME-GC-MS分析揮發性有機化合物
• Py-GC-MS檢測複雜固體材料

客製化分析：

• 依據文獻報導，建立各式分析物的LC-MS/MS與GC-MS/MS分析方法
• 針對特定分析物，開發新的LC-MS/MS、GC-MS/MS方法
• MALDI-TOF質譜影像分析